何国祥在调查中还发现一些问题，如：原来的院所机构失去了组织科研攻关的功能，自主权落到了课题组层次，导致力量越来越分散；课题组越来越小，加之申请课题的科技人员急功近利，影响了一些综合性大课题、不易完成的“硬骨头”项目、长期性项目的完成；具有国际竞争力的研究课题组不多，科研队伍建设亟待加强；直接影响到我国科技实力的发展。
何国祥认为，这一系列问题的存在，说明在谋求我国科学技术跨越式发展之路时，已不能仅仅满足于用市场竞争的办法来改革科研体制的做法，科研体制的改革是一项非常复杂的系统工程，还要下大力气来进行研究和创新。《全国科技工作者状况调查报告》中，对改善科研环境提出几项对策建议值得有关部门思考：第一个层面是为了实现优化配置科技资源，要加强科技资源投入的顶层设计和宏观调控。第二个层面是政府应在继续加大科研投入的同时，推动科研投入体制改革，大力发展各类民间科研基金会。同时，为了健全我国的科技创新体系，应在科技发展中创造更好的环境，让更多的企业在发展我国科学技术中发挥重要的作用，让企业成为我国技术创新的主体。第三个层面是要建立科学的评审机制，简化项目申请程序，缩短课题申请时间，加强科研评审的管理。同时，对科研活动实施有效的社会监督。
